Kaplicę ufundował wójt warmiński Krzysztof Troszko. Jej konsekracji w roku 1580 dokonał biskup warmiński Marcin Kromer. Choć powstała w okresie renesansu, nosi ona cechy ubogiego baroku. Była remontowana w latach: 1766, 1927, oraz po zniszczeniach II Wojny Światowej – w 1959 roku. Jedna z dwóch dat widocznych na chorągiewce – 1623 (druga to 1927), sugeruje, iż w tym właśnie roku uzyskała barokową formę.
Kaplica wyposażona była w ołtarz z początku XVII wieku, który obecnie znajduje się w kościele świętego Bartłomieja Apostoła w Jezioranach.
Kaplica położona jest poza obrębem dawnych murów miejskich, gdyż tak były dawniej sytuowane szpitale. Decydowały o tym w dużej mierze względy praktyczne (izolacja pacjentów), ale należy także pamiętać, że dość długo w historii choroba była traktowana jako napiętnowanie – stąd taka lokalizacja szpitali i związanych z nimi kaplic poza murami miast. Jeziorańska kaplica Świętego Krzyża pełniła właśnie funkcję przyszpitalną.
Pamiętajmy jednak również, że ówczesne szpitale przypominały raczej przytułki, pierwotnie udzielające schronienia obcym przybyszom, kalekom i ubogim chorym. Świadczyły one jedynie drobne usługi medyczne. Przybytki takie łączyły zatem funkcje przytułku i lecznicy, czasem sierocińca. Zamożniejsze miasta posiadały własnego medyka, te uboższe – zielarza bądź balwierza. Co ciekawe, medycy w Prusach, obejmując urząd, deklarowali pomoc zarówno bogatym jak i biednym. Chirurdzy, cyrulicy działali przy łaźniach miejskich (szpitale również posiadały łaźnie). Te były ośrodkami życia towarzyskiego – prowadzono tam wyszynk napojów, bywali w nich również grajkowie a nawet prostytutki.
Najpopularniejsze były szpitale pod wezwaniem Świętego Ducha, działające w formie przytułków. Te pod wezwaniem św. Jerzego i św. Łazarza pełniły rolę izolatorów dla trędowatych (leprozorium), chorych na dżumę, czarną ospę i inne choroby zakaźne (epidemie nota bene były traktowane jako kara boska). Szpitale były wyłączone spod jurysdykcji miasta. Znajdowały się pod opieką starosty lub innego urzędnika.
Na Warmii organizowano też szpitale w ramach parafii – wówczas wyznaczano dla takiego szpitala kapłana, prepozytora szpitalnego.
Przyjrzyjmy się jeszcze postaci biskupa Marcina Kromera, który, jak już wspomnieliśmy, konsekrował kaplicę w Jezioranach. Wybitny humanista, historyk, sekretarz króla Zygmunta Starego. Kromer kontynuował dzieło swojego poprzednika i mentora, Stanisława Hozjusza, związania Warmii z państwowością i kulturą polską. Mimo że Warmia wówczas od ponad wieku należała do Korony, a na tereny spustoszone ostatnią wojną Polski z zakonem krzyżackim napłynął żywioł polski, w dalszym ciągu kraina ta nosiła silny charakter niemiecki, a na terenach północnych dominowali wciąż Niemcy.
Marcin Kromer dbał o to, żeby stanowiska kościelne były obsadzane Polakami – dzięki temu wierni mieli możliwość wysłuchiwania kazań w języku polskim. Otaczał także opieką ośrodki polskie w diasporze niemieckiej. Pod szczególną opieką Kromera byli mieszkańcy Reszla i Jezioran, gdzie wśród żywiołu niemieckiego szybko wzrastał odsetek Polaków. Te dwa miasta były „oczkiem w głowie” jego poprzednika, kardynała Hozjusza, który osobiście prowadził w Jezioranach nabożeństwa dla Polaków.
Kromer ufundował cały szereg kaplic dla ludności polskiej w strefie zamieszkanej przez Niemców, w tym w Jezioranach kaplicę p.w. św. Wojciecha. Niestety, zabytek ten nie przetrwał do naszych czasów.
